一种基于 Obsidian 的科研工作流（研究生版）

曾现伟民

在上一篇专栏《知识管理带动文献阅读》中，我设计了知识卡片整理和文献阅读报告的方法。本文中我打算介绍一下目前我使用 Obsidian 实现的，面向写周报的工作流，一方面方便在科研日常中做好记录，另一方面可以快速生成本周周报。
面向科研

首先是利用 Obsidian 来记录科研中的流程。正如我的导师所说，科研过程中要形成逐步迭代的文书。做好科研过程中各个步骤的记录，这样有助于科研的顺利完成。
论文阅读报告

文献阅读作为科研过程中的很重要的环节，做好记录方便自己回顾、让导师知道你都看了些是很重要的。文献阅读报告的模板在上一篇专栏《知识管理带动文献阅读》中已经给出。阅读论文时，按照自己的思维过程将重要信息记录下来，有助于思维的清晰和调理。同时，要填写好文章的主要贡献，这里的思路就是，如果要写文献综述，你打算如何介绍这篇文章。
《知识管理带动文献阅读》给出的 Obsidian 模板中，文献基本信息通过 YAML 的 Matadata 给出。在生成 PDF 的过程中，为了使数据清晰，我使用插件 Matatable 将 Metadata 呈现为数据表。效果如下：



使用插件 Matatable 将 Metadata 呈现为数据表

知识卡片

知识卡片的来源有三个：

• 论文阅读或相关知识学习过程中，面对不懂的概念，搜索相关资料（例如维基百科、教材、教程文章等）过程中进行的记录。这种卡片要注意标注来源（网页等），方便后续在论文中进行引用。
  
• 论文阅读过程中，对自己可能有帮助的模型、方法等，进行思考和梳理的所得。这种卡片要注意标注参考文献，方便后续在论文中进行引用。
  
• 在推导和实现中，进行系统性归纳、分析的所得。
  

知识卡片可以理解为论文的素材，也是思维的素材。由于知识太多，脑子不一定管理得过来，所以利用“外脑”来对自己获取的信息、产生的想法进行存储，同时保证查找和思维的效率。最终论文写作的过程，也可以理解为将科研过程中产生的许多卡片整合成一篇文章的过程。
此外，知识之间会有一定的联系，因此在记录知识卡片的过程中可以利用链接来记录知识之间的联系。利用 Obsidian 的关系图谱功能，可以看到整体知识库中各个卡片的联系，同时在观察这些卡片节点时，有助于发现知识之间隐藏的联系，进而产生新的想法，进而得到的新的知识。这也是科研中产生 idea 的一个方法。



利用关系图谱呈现知识卡片之间的联系

闪念笔记

闪念笔记可以利用 Obsidian Memo 插件实现，也可以不是用插件而是直接用一个文件记录。闪念笔记主要用于记录自己的想法和思考。比如在进行文献调研或回顾知识卡片时想到的 idea、做实验时候产生的思考和疑问等。



Obsidian Memo

闪念笔记可以成为工作的下一步指南，也是去找导师讨论时可以聊的点。部分情况下也可以将其中的内容扩充完善，并制作知识卡片。个人认为，闪念笔记可以说是周报中最有价值的条目。
面向周报

上节介绍了几个科研文书的记录方法和思路。在做好记录的情况下，提交周报时只需要点几下鼠标，就可以生成一篇周报。
首先，利用 Dataview 插件对上一周修改的文件进行搜索，将搜索结果复制到周报里，按 ctrl+H 将其中文件链接的“app://obsidian.md/”部分去掉，并将中括号之前的部分替换为英文叹号，即可完成将本周修改的卡片全部放在周报里面，且可以在此过程中将卡片进行分类、排序。
Dataview 查询代码如下：
list
from ("1-知识库/3-Area" OR "2-信息库/1-科研") AND -#文献阅读/0-TODO
where file.mtime >= date(today)-dur(1 week)
sort file.mtime desc然后，将闪念笔记逐一复制到周报中，作为本周的问题、收获等。最后生成 PDF，即是一篇内容丰富的周报。
实践中，我发现“文献笔记”部分所占篇幅实在太长。如果能只把文献基本信息和主要收获部分截取，把 Abstract 和 Conclusion 以及后面的内容忽略掉，将会精简很多。然而目前文献基本信息我使用 Obsidian 的 Metadata 实现，所以暂时没有办法实现。读者可以自行调整文献阅读笔记模板的设计，以实现该功能。
面向未来

在使用 Obsidian 进行笔记管理时，我会希望在将来有必要的时候，更简单的迁移到其他软件上，因此我希望尽量少使用 Obsidian 特有的 Markdown 语法，以保持最大的 Markdown 兼容性。具体而言：

• 在设置的“文件与链接”中，打开“始终更新内部链接”
  
• 在设置的“文件与链接”中，关闭“使用 Wiki 链接”
  
• 在设置的“文件与链接”中，“内部链接类型”中选择“基于当前笔记的相对路径”
  

此外，合理进行文件管理、标签管理会有助于更好更快地查找要使用的信息。下期我打算介绍一下自己的文件管理和标签管理思路。