是什么造成了 Windows 兼容性问题？

艺术之光

每一次Windows新版发布就会有人提出新版兼容性很差的说法，比如至今有玩游戏win7最好的说法，但是是什么造成了这种问题？这种说法又是不是合理的？
我的想法是（如果有错请指出）：一个编译之后的程序里边，有些是程序本身的代码编译出的机器码，这部分应该不牵涉操作系统的问题，只要CPU指令集兼容即可；另外还有链接的操作系统的函数之类的，如果系统不改接口定义，也应该能正常执行（再顺便问一下，Windows的兼容模式是否与此相关）。那么是什么造成了软件兼容问题？
另外，一些破解补丁或者病毒等不正常的程序在新系统可能不能正常运行的原因是什么？